گفته شد که یکی از دلایل لزوم تفکیک علوم بشری از ساحت فهم و تفسیر کتاب و سنت از نظر معتقدان به تفکیک آن است که علم و شناختی که از ناحیه غیرخداوند بوده و مستند به وحی و تعلیم انبیا نباشد و کاملاً بشری و مستند به ذوق و تعقل و شهود انسانی باشد، موجب اختلاف کثیر و افکار متشتت و روشهای متفاوت خواهد شد.[ ـ مکتب تفکیک، ص52 ـ 51] علت تشدید اختلافها و گوناگونی تشخیصها و تعدّد راهها و روشها آن است که عدهای به کشف عرفانی و عقل بشری و منطق اعتماد کامل کردند و خود را در معرض تعلیم انبیا و آموختن «علم صحیح» قرار ندادند و خویش را زیر پوشش علم وحی و نظام تربیتی ویژه آن در نیاوردند. حقیقتهای علمی و شناختهای معارفی در صورتی صحیحاند که از راه وحی الهی و علم ربانی به دست آیند. خدای عالم به حقایق، باید حقایق را بیاموزد و این حقایق نباید با هیچ اندیشه و تصور دیگر امتزاج و خلط یابد تا دست تحریف و التقاط و تأویل از دامن آن کوتاه گردد.[ همان، ص53 و 55
به نظر میرسد ایشان اساساً به عقل و روش برهانی ایراد و اعتراض دارند. در اوایل کتاب مصباح الهدی استدلال شیطان را در سجده نکردن بر آدم(علیهالسلام) که گفت: (خَلَقتَنی مِن نارٍ وخَلَقتَهُ مِن طین)[ سوره اعراف، آیه 12] استدلال برهانی میپندارند و معتقدند که اگر برهان، حجت و موجّه باشد باید استدلال شیطان به عنوان برهان در درگاه الهی پذیرفته میشد در حالی که مقبول نشد و طرد استدلال او به معنای عدم پذیرش و فقدان مقبولیت برهان است. [ ر.ک: مصباح الهدی، ص11] واضح است که ایشان مرز میان قیاس فقهی یا تمثیل منطقی را که حجت نیست با برهان عقلی در هم آمیخته اند و تمثیل غیرمعقول ابلیس را برهان پنداشته اند.